Година је 2385.
Човечанство је напустило Земљу због еколошке катастрофе и кренуло у потрагу за новим домом међу звездама.
На рубу галаксије, огромни свемирски брод „Егзодус” путује кроз бескрајну таму, носећи хиљаде људи у хибернацији према планети Nova Terra. Док се брод приближава свом циљу, капетан Алиса Јенсен буди се из хибернације како би надгледала завршну фазу путовања.
Све се чини нормалним док контролни систем не почне регистрирати непознате сигнале из дубине свемира. Алиса окупља тим стручњака како би истражили тајанствене поруке. Сигнали воде Алису и њен тим до напуштене свемирске станице, остављене од стране старе људске колоније. Станица је била у мраку, али је још увек функционисала. Када је тим ушао унутра, открили су необична бића која су се кретала кроз сенке. Та бића нису била непријатељска, али су зрачила моћним енергетским пољем које је изазивало сметње на броду.
Алиса и њен тим откривају да су бића са станице древна раса која је некада давно истраживала галаксију, али су се повукла у заборав. Та бића, названа „Шумори”, су понудила Алиси и њеном тиму технолошки напредак и знање у замену за помоћ у реактивацији њихове станице.
У међувремену, на броду „Егзодус”, системи почињу да отказују, а становници се буде из хибернације пре времена. Хаос и паника завладају, али Алиса успева да пренесе поруку са упутствима за преживљавање. Уз помоћ Шумора, она се враћа на брод и користи њихову технологију да стабилизује системе. Међутим, све је кренуло наопако када су истраживачи схватили да Шумори нису једини ентитети на станици.
Из мрачних углова почели су се појављивати тамни ентитети, зрачећи језивом енергијом која је уливала страх у срца посаде. Ти ентитети су некада били заробљени у хибернацији, али су сада били ослобођени. Како су ентитети улазили на брод, свуда су се дешавале сабласне појаве. Светла су треперила, температуре су нагло падале, а ехо језивих шапата испунио је ходнике.
Алиса и њен тим су се борили против невидљивог непријатеља, користећи све што су имали да заштите преостале становнике брода. На крају, Алиса је успела да дешифрује стару технологију Шумора и активира заштитну баријеру око „Егзодуса”. Уз помоћ те баријере, тамни ентитети су били заробљени и онеспособљени.
Становници брода су коначно успели да наставе пут ка Novoj Terri, али заувек обележени сусретом са тамним ентитетима. Човечанство је пронашло нови дом, али језива сећања на тамне ентитете и даље су прогонила преживеле, подсећајући их на крхкост људске егзистенције у бескрајној тами свемира.
